通水治療はクラミジア感染症や子宮内膜症等が原因となって卵管の通過性が損なわれている場合に行われます。抗生剤を含む清潔な水を子宮頚管から、子宮、卵管へと流し込むことにより、徐々に卵管の通過性は改善され、排卵された卵子が卵管内で精子の到着をゆっくりと待つことができるようになります。なお、この治療は約6回 (半年) を目安に行います。